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测序服务

2018-06-02| 发布者: admin| 查看: 131

测序服务摘要

测序服务

 

动植物基因组测序

1.基因组de novo测序   

也叫做基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接,最终获得该物种基因组序列图谱。从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,将加深我们对物种的认识,在新基因的发现、物种改良等方面发挥巨大作用。

2.动植物基因组重测序 

在已知物种基因组的情况下,对物种内的不同个体或某个个体的不同组织进行基因组重测序,可以在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异。通过这种方法,可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDelInsertionDeletion),结构变异位点(SVStructureVariation),拷贝数变异(Copy Number VariationCNV)等变异信息,从而获得生物群体的遗传特征。这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义。利用全基因组重测序有助于快速发现与动植物重要性状相关的遗传变异,缩短分子育种的实验周期;有助于发现人类疾病相关的重要变异基因,加快生物医药研发的速度等。  

3. 转录组测序  

转录组广义上指某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有的RNA,包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等,狭义上指所有mRNA的集合。转录组是研究细胞表型和功能的重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统的基因芯片技术而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测;能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

4.Small RNA 深度测序     

Small RNA是一类长度在2030ntRNA分子,主要包括miRNAsiRNApiRNA等。Small RNA能够调控基因的表达,在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色,甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。第二代高通量测序技术省去了烦琐的Small RNA克隆文库构建过程,可以一次性产生上百万条Small RNA序列,能够快速鉴定特定条件下表达的已知Small RNA并发现新的Small RNA,同时还可以研究不同条件下Small RNA的表达差异,并可以联合表达谱数据进行关联分析。

5.全基因组甲基化测序  

DNA甲基化对于表观遗传学调控机制的时空特异性研究具有重要意义,因而成为表观遗传学的研究热点。而全基因组水平的甲基化测序被认为是DNA甲基化研究的金标准,具有单碱基的分辨率,覆盖范围广等优势而被广泛应用。Bisulfite处理作为表观遗传学研究的经典方法,能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,经PCR扩增后变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来。Bisulfite-Seq即是将Bisulfite处理与高通量测序技术相结合,从而来绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱,用于研究特定DNA区域甲基化与特定表型之间的关联,为疾病发生、治疗相关的研究提供研究基础。


微生物基因组测序

1.细菌基因组测序

随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。

根据不同的研究目的和测序要求,细菌基因组测序可分为三种类型:细菌基因组Scanning、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454
长片段测序、Illumina 短片段高覆盖测序,结合454双末端测序(Paired-End)Illumina末端配对测序(Mate-Pair Sequencing)技术,针对不同的基因组测序类型,提供专业、合理、高性比的测序服务。

2.真菌基因组测序

真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,在自然界中分布广泛。据估计,全世界约有150万种真菌,其中包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌,同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明,将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二代高通量测序技术的成熟,基因组测序成本已大大降低,使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能,目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。
 
3.环境微生物群落多样性分析

环境微生物群落多样性分析,基于Roche 454 FLX +Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台,对核糖体RNA高变区域,比如16S/18S/ITS等序列;或功能基因,比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序,揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性,对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

4.宏基因组测序

宏基因组是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序即利用测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以分析微生物群体的基因组成及功能,解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系,发掘和研究新的具有特定功能的基因等。目前,第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。与传统方法相比,基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库,这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差,简化了实验操作,提高了测序效率,从而极大地促进了宏基因组学的发展。

16S/18S
rDNA
测序与宏基因组测序的区别:16S/18S rRNA基因测序以细菌16S
rRNA
或者真菌18S rRNA 基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。宏基因组测序以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库,利用高通量测序技术分析环境样品所包含的全部微生物的群体基因组成及功能和参与的代谢通路,解读微生物群体的多样性与丰度,探求微生物与环境,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

5.原核生物转录组测序

原核生物转录组测序是指利用第二代高通量测序技术对原核生物的转录本(mRNA和非编码RNA)进行测序,全面快速地获取特定微生物在特定状态下的所有转录本的信息。通过转录组测序研究可以揭示微生物不同表现型形成的分子调控机制。

 

外显子组深度测序

外显子组(exome)是一个物种基因组中全部外显子区域的总和,它是基因行使其功能最直接的体现。通过高通量测序技术进行外显子组测序,能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。相比于全基因组重测序,外显子组测序更加经济、高效。目前,外显子组测序技术已经应用到寻找与各种复杂疾病相关的致病基因和易感基因的研究中。



 



 

 

 

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